Это вопросы к Росреестру. Возможно здание на учете есть, но нужно просто найти его кадастровый номер. Возможно нужно осуществить постановку здания учет по техплану вместе с помещениями. Возможно нужно инициировать техошибку, чтобы Росреестр внес сведения о здании. Про «практику снимать с учета здания, если права на все помещения зарегистрированы» — думаю что-то путаете — такое невозможно технически, т.к. помещения должны быть привязаны к зданию. Права на здание действительно будут отсутствовать, если права зарегистрированы на помещения, но это не повод удалять само здание с учета.