Скорей всего дело в том, что предоставленные Вам электронные подписи не в том формате, в котором требует Росреестр. По требованиям Росреестра электронные подписи должны создаваться в виде отдельных файлов в бинарной кодировке DER. У Вас либо файл данных объединен с файлом подписи, либо подпись в текстовой кодировке BASE64 — и это не правильно.
Конструктор проверят подпись, чтобы она соответствовала требованиям Росреестра. Скорей всего Вам не правильно подписывают схемы. Тут либо нужно указать на правильные параметры, которые следует выставлять при подписывании, либо использовать бесплатную программу Просто Подписать, которая создает электронную подпись по требованиям Росреестра.