Вопрос не совсем понятен. Не ясно как вы подписываете файлы и где они лежат. Кроме того, когда спрашиваете такие вопросы прикладывайте свои рабочие файлы, запаковав их в zip-архив. В вашем случае в архив включите скриншоты поясняющие проблему. Если вы подписываете техплан программой Просто-Подписать (заключил так, раз вы задали вопрос в данном разделе), то это по крайней мере не удобно, т.к. в программе XML Конструктор встроен механизм подписания файлов и формирование архива на сдачу. Файлы приложений должны лежать либо в той же папке, где находиться основной рабочий файл *.xcn, либо в подпапках относительно данного файла.